在和强敌“横滨少棒队”的激斗中，主人公吾郎所带领的“三船海豚队”赢得非常漂亮。但是，作为主力投手的吾郎所付出的代价就是右肩的伤痛。而随着职业棒球选手的父亲英毅转会，吾郎什么也没有告诉一起战斗过的同伴们，就随父亲转学到了九州的学校。
吾郎重新振作精神，接受了当地的棒球名校“博多南少棒队”的测试，但他和双亲有约定，绝对不能再当投手。于是吾郎作为一个出色的击球员入团了。但是却没有一个队友欢迎吾郎的加入。
此时的横滨……输给了吾郎，但希望一雪前耻的佐藤寿也率领“横滨少棒队”对战因为没有吾郎在而失去了干劲的“三船海豚队”。“三船海豚队”因为佐藤寿也的：“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”这句话而重新燃起了斗志。
最终与吾郎所在的《博多南少棒队》对战的是“横滨”还是“三船”？
而且吾郎能够带领“博多南少棒”队成为九州地区的代表吗？
友情、信念、梦想、性情……
少年们各种的想法在球场上交汇！！
千叶翔也 长谷川育美 山下诚一郎 藤原夏海 早见沙织 铃代纱弓 白石晴香 石谷春贵 山下大辉 村田太志 植木慎英 小野将梦 福原克己 坂泰斗 石上静香 贯井柚佳 风间万裕子 杉山里穗 三上哲 楠大典
Muv-Luv Alternative Total Eclipse
小野大辅 中原麻衣 生天目仁美 能登麻美子 野川樱 杉田智和 滨田贤二 大原沙耶香 小山力也 津田英三 斧笃 本田贵子 石原夏织 羽多野涉 田中理惠 日笠阳子 高森奈津美 高桥美佳子 植田佳奈 藤村步 金元寿子 铃村健一
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